Năm 1949, nhận thấy Đảng Cộng sản đang giành quyền kiểm soát Trung Quốc, Kashag đã trục xuất tất cả những người Trung Quốc có liên quan tới chính phủ trước sự phản đối của cả Quốc dân Đảng và Đảng Cộng sản [2]. Cả Trung Hoa Dân Quốc và Cộng hòa Nhân Dân Trung Hoa đều duy trì tuyên bố chủ quyền của Trung Quốc đối với Tây Tạng. Nhiều người cho rằng Tây Tạng không nên là một phần của Trung Quốc vì họ thường xuyên bị tấn công theo nhiều cách khác nhau. Tây Tạng trên thực tế đã luôn là một quốc gia độc lập trước năm 1951 [3].

Đảng Cộng sản Trung Quốc do Mao Trạch Đông lãnh đạo, sau khi lên nắm quyền vào tháng 10, đã không tốn nhiều thời gian để khẳng định sự hiện diện của Trung Quốc tại Tây Tạng. Trung Quốc đã thực nhiều dự án khác nhau tại Tây Tạng nhưng người Tạng dường như cảm thấy bị phớt lờ về mặt chính trị và kinh tế tại "Khu tự trị Tây Tạng" và trong những phần đất của người Tạng tại Thanh Hải, Tứ Xuyên và Vân Nam [4]. Tháng 6 năm 1950, Chính phủ Liên hiệp Anh tại Hạ viện tuyên bố rằng Chính phủ Hoàng gia "luôn sẵn sàng công nhận chủ quyền của Trung Quốc tại Tây Tạng, nhưng chỉ khi Tây Tạng được coi như là một khu vực tự trị" [5]. Ngày 7 tháng 10 năm 1950 [6], Giải phóng quân Nhân dân Trung Quốc đã tấn công khu vực Qamdo thuộc Tây Tạng. Giải phóng quân nhanh chóng áp đảo về mặt lực lượng và bao vây các đội quân Tây Tạng, chủ yếu theo chủ nghĩa hòa bình. Đến ngày 19 tháng 10 năm 1950, 5.000 quân Tây Tạng đầu hàng Trung Quốc.

Năm 1951, đại diện của chính quyền Tây Tạng, với sự ủy quyền của Dalai Lama [7], đã tham gia các cuộc đàm phán với chính phủ Trung Quốc tại Bắc Kinh. Điều này dẫn tới Thỏa thuận Mười bảy điểm về giải phóng hòa bình Tây Tạng, xác lập chủ quyền của Trung Quốc tại Tây Tạng [8]. Thỏa thuận được phê chuẩn tại Lhasa vài tháng sau đó [9]. Theo Chính phủ lưu vong Tây Tạng, một số thành viên của Nội các Tây Tạng (Kashag), chẳng hạn như Thủ tướng Lukhangwa, không bao giờ chấp nhận thỏa thuận này [10]. Nhưng Quốc hội Tây Tạng "trong khi công nhận các tình tiết giảm nhẹ mà theo đó các đại biểu phải ký 'thỏa thuận', đã yêu cầu chính phủ phê duyệt nó... Kashag nói với Trương Kinh vũ rằng họ sẽ thông cáo sự chấp nhận của họ với 'thỏa thuận' này" [11]. Người Tạng lưu vong xem thỏa thuận này là không hợp lệ do đã được ký kết một cách không tự nguyện dưới sự cưỡng ép [12]. Trên đường sang tị nạn tại Ấn Độ, Dalai Lama thứ 14 đã tới Lhuntse Dzong vào ngày 26 tháng 3 năm 1959, nơi ông bác bỏ "Thỏa thuận mười bảy điểm" vì đã "ép chính phủ và người dân Tây Tạng bằng đe dọa vũ trang" và tái khẳng định chính phủ của mình là đại diện hợp pháp duy nhất của Tây Tạng [13][14]. Theo Thỏa thuận, khu vực Tây Tạng do Dalai Lama sẽ có được sự tự chủ ở mức độ cao. Ngay từ đầu, rõ ràng việc hợp nhất Tây Tạng và Trung Quốc Cộng sản sẽ mang hai hệ thống xã hội đối lập mặt đối mặt nhau [15]. Tuy nhiên, Trung Quốc không ưu tiên cải cách xã hội mà ngược lại, từ năm 1951 đến năm 1959, bộ máy Tây Tạng truyền thống với các lãnh chúa và điền trang tiếp tục được duy trì và trợ cấp bởi chính phủ trung ương. Chính phủ của Dalai Lama vẫn được duy trì như một biểu tượng quan trọng từ thời kỳ độc lập trên thực tế bất chấp sự hiện diện của 20.000 quân giải phóng. Cuộc điều tra dân số đầu tiên trên toàn Trung Quốc được tổ chức vào năm 1954, thống kê được 2.770.000 người Tạng ở Trung Quốc, bao gồm 1.270.000 người tại Khu tự trị Tây Tạng. Người Trung Quốc đã xây dựng đường cao tốc đến Lhasa và sau đó mở rộng đến biên giới Ấn Độ, Nepal và Pakistan.

Những khu vực của người Tạng ở Thanh Hải, vốn nằm ngoài thẩm quyền của chính phủ Dalai Lama, không được hưởng quyền tự trị tương tự và đã bị phân chia lại đất đai. Hầu hết đất đai bị tước khỏi tay các quý tộc và các tu viện, và chia lại cho nông nô. Vùng đông Kham của người Tạng trước thuộc tỉnh Tây Khang, được sáp nhập vào tỉnh Tứ Xuyên. Tây Kham được đặt dưới quyền của Ủy ban quân sự Qamdo. Ở những vùng đất này, cải cách ruộng đất đã được thực hiện. Điều này dẫn tới việc những kẻ kích động được Đảng cộng sản chỉ định là "địa chủ" - đôi khi được lụa chọn một cách tùy tuyện - để công khai làm nhục tại "Đại hội Phê phán-Đấu tranh" [16], tra tấn, hành hạ và thậm chí là giết chết [17][18]. Chỉ sau năm 1959, Trung Quốc thực hiện các chính sách tương tự tại Tây Tạng [19][20].